蚌埠体育运动学校其前身是蚌埠地区体校和蚌埠国防业余体校。创建于1958年初，两校属中等专业学校性质。1972年成立蚌埠市重点业余体校；1979年成立市重点业余体校又称市二十九中；1985年蚌埠市体育中学成立。2000年经安徽省体育局，安徽省教育厅批准成立蚌埠体育运动学校，属体育中等专业学校。

2004年体育中学与体育运动学校合并，对外称蚌埠体育运动学校。50～60年代开设项目有篮球、排球、足球、乒乓球，体操、田径、举重、摔跤、柔道、航模、航空、划船、摩托车、摩托艇、射击、无线电测向等。训练人数最多时达400余人。
1972年蚌埠市重点业余体校，设置项目有田径、篮球、排球、足球，在训人数约150人。1980年蚌埠市重点业余体校训练项目增多，田径、足球、摔跤等重点和传统项目发展突出。1981年蚌埠市被国家体委列为“全国足球重点城市”，体校设有足球队，代表安徽省青少年，业余体校参加全国比赛。培养李毅、周阳等国家队主力队员。田径项目培养周正平、徐丛先等一批全国冠军和破亚洲纪录的运动员。
1999年学校搬迁新校。2000年成立蚌埠体育运动学校，当年招收208人，以后每年均在100多人。学校共设置项目有田径、足球、国际跤、柔道、拳击、举重、武术（散手、套路）、跆拳道、赛艇、射击、体操、手球、棋类、中国跤等，在校运动员发展到700余人。学校有专职教练员55人，具有高级职称的有12人。
1986-2005期间学校输送刘瀚、范雪平、李娅、马三义等一批全国、世界冠军。90年代两次获全国业余体育训练先进集体称号；1996-2000年度连续5年获安徽省青少年体育先进集体称号；2003年被安徽省体育局授予国际跤单项后备人才基地；2004、2005年连续两年获安徽省优秀后备人才输送第一名。2005年被国家体育总局认定为国家高水平体育后备人才基地。